Come back in one piece. は「ひとかけらで戻れ」というのではなく「無事に帰ってきて」といった意味です。ここでのpieceのイメージは身体を作っている腕とか脚とかを想像してみればいいでしょう。戦争へ行って、手足をなくして、つまりpieceがばらばらになって帰ってくることがないように、ひとつのpiece,つまり手とか足とか失っていない完全に一つの状態で、ということからin one pieceで「無事に」といった意味になるそうです。My desire to come home in one piece has remained keen. (無事に帰宅したいという私の思いはとても強かった) He was lucky to get back to his country in one piece. (彼が無事帰国できたのは幸運だった)