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take overは「～を引き継ぐ」という意味で使われることが多いですが、over は上の方を渡るという運動を表す副詞なので、ある場所からある場所へ「移る」とかある人からある人へ「譲る」とか、さらに「責任や地位を引き継ぐ」といった風に発展したのでしょう。Henry took over the business when his father retired. (ヘンリーは父が退職したときに仕事を引き継いだ）（慶応大）この文の場合、父親の仕事や責任や地位がヘンリーに移ってきたというわけです。しかし、引継ぎが平和的に進まない場合は力づくになります。そのような場合には「乗っ取る」とか「占拠する」といった意味に相当します。The fighters have torched building and taken over several government facilities. (戦闘員たちは建物に火をつけ、複数の政府関連施設を占拠した)(CNN)　この場合は軍事力を使って場所や権利を引き継いだ、つまり暴力的に占拠したというわけです。