workは「本来の働きをする」「ある目的を果たすために努力する」というのが基本的な意味です。I stayed up all night working on my paper.(徹夜でレポートを作成していました)(早稲田) というのが英作文で出題されたことがありますが、work onは問題を解決(あるいは改善)しようと努力している場合に用いられることが多いようです。前置詞onは「従事・活動」のonと考えてもいいでしょうが、focus onの「集中」の意味合いで捉えてもいいでしょう。いずれにせよ、「接触」が基本的な意味ですから、ある仕事に接触する、つまり取りかかる、ということになります。I’d worked on this project for 20 years. (そのプロジェクトに20年間取り組んでいる) The scientist is working on atomic energy. (その科学者は現在原子力の研究をしている)I am working on some crucial issues. (私は非常に重大な問題と取り組んでいる)Microsoft is working on a mobile robot. (マイクロソフトが移動可能なロボットの開発に取り組んでいる) Engineers are working on software that mimics the response of a driver. (技術者は運転手の反応をまねるようなソフトウエアの開発に取り組んでいる) このように何か特別な問題を研究したり調査したり開発したりしているといった内容の場合には、進行形で用いられることが多い気がします。進行形は段取りをつける、何かと手はずを整えるといったニュアンスを含みますから自然と進行形が好まれるのでしょう。