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How come~ ?は 「どうして～なのか」といった意味ですが、whyと同じ感じで捉えればいいと思います。ただし、How come の後は平叙文の語順になるのが特徴的です。ひょっとするとHow does [did / has] this situation come about that S+V...（どうしてこのような状況が起こるのか）が短くなったのかもしれません。that節でsituationの中身を言っているいわば同格節だと個人的には考えています。だから、すでにHow comeの中に疑問文が成立していますから、後は平叙文の語順になるのではないか、と。さらにhow came...?とかhow has come..? とかhow comes...? などのような形にならず、いつもhow comeになるということも上のように捉えれば納得しやすいのではないでしょうか。How come you didn't come to the gathering yesterday? (どうして昨日飲み会に来なかったの)