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bygonesはthings that have gone by (過ぎ去ったこと)という説明がしてありました。そこで、let bygones be bygonesを直訳すると、「過ぎ去ったことは過ぎ去ったままにしておく」となります。このフレイズは「過去のことは水に流す」と普通訳されますが、「水に流す」は「すべてなかったことにする」といったニュアンスですから、若干違和感を感じます。letですから「なかったことにする」のではなく、そのままにしておく、つまり、そのまま残しておく、といった感じがするからです。ともあれ、この表現は、主に過去の不和とか喧嘩などに言及して使われます。　I had been in a rage when my brother refused to lend me money, but when he went bankrupt and came to me for a job, I decided to let bygones be bygones. (兄が金を貸してくれなかったとき、私はすごく憤慨した。しかし、その兄が倒産し私のところに職を求めて来たときには、過去のことは水に流すことにした)(アメリカ口語辞典)