Lucky you!  は「いいな!」「ついてるな」といった意味ですから、You are lucky! が短くなったものと捉えればいいのでしょう。しかし、You are luckyからbe動詞が抜けただけならば、You luckyとなりそうです。Lucky you!となっているのは、How lucky you are! が短くなったからと考えるほうが語順的には分かりやすい気がします。同じような言い方にLucky for you があります。こちらは、That's lucky for you.からThat'sが落ちて短くなったと考えればよさそうです。”I just won a trip to Windermere!" “Lucky you!” (「ウインダミア旅行が当たったんだ」「ついてるね」)