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「形」や「格好」を意味するshapeが、通常修飾語を伴って「調子」とか「体調」を意味することがあります。He was in bad shape. (彼は体調が悪かった)＝He was in poor health.とか、He was in (good) shape.= He was in good health.などのように。さらに、体調だけでなく、経営状況を意味することもあって、in shapeは使用範囲が広いと考えればいいでしょう。The company is in bad shape. (その会社は経営状態が悪い）（アドヴァンストフェイバリット）このように会社の体調、つまり経営状態に関することにも用いられます。くだけたカジュアルな表現だそうです。なお、stay in shape, keep in shapeで「健康でいる」といった意味で使われますが、keepの方が健康を意識している感じが強いようです。