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 cashはcaseと関係が深く、case(箱)に入れる現金というのが本来の意味だったそうです。だから「現金で」という場合、in cashというのかもしれません。ときに by cashも見かけたりしますが、「現金」そのものに重点があれば、in cash 、byを使うのは、手段や方法に重点が移るからでしょうか。たとえば、pay in cash (現金で支払う)　pay by check (小切手で支払う) といった具合です。また実際に持ち歩いているカードなどいわゆる電子マネーを使って、といったニュアンスの場合には、withも使われています。Suicaで支払いをする、なんていう場合にはpay with Suicaでしょう。どことなくpresent A（人）with B（物）のwithをイメージさせます。The young man has just sold his kidney for $25,000 in cash. (その若者は、現金2万5000ドルで腎臓を売ったばかりだ) この文は臓器を売って暮らすアジアの若者に関する記事からの抜粋ですが、とても悲惨な内容でした。